Фамилия Шелкуновы — одна из тех, что образованы от прозвища или профессии, но с неочевидным корнем. Основа здесь — не «шёлк» (ткань), а более редкое слово «шелкун». Так в русских говорах называли того, кто «щелкает»: либо трещотку, либо пустого болтуна, либо человека с привычкой щёлкать пальцами или языком. В некоторых диалектах «шелкун» — это ещё и орех (который щёлкают), и даже вид небольшого сокола. Но самая вероятная версия — прозвище говорливого, бойкого человека, любителя «пощелкать языком». Такие прозвища давали метко и без обидного оттенка — скорее как констатацию характера.

Суффикс -ов указывает на классическую русскую патронимическую модель: Шелкунов — сын Шелкуна. Фамилия закрепилась в центральных и северных губерниях России. В переписных книгах XVII века встречаются крестьяне и посадские люди с этим прозвищем, особенно в Вятском и Пермском краях, где диалектное слово «шелкун» было в ходу. В отличие от фамилии Шелковников (от слова «шёлк», торговец шёлком), Шелкуновы — это не ремесленная, а личностная фамилия, связанная с поведением или манерой речи первого носителя.

Интересно, что в некоторых местностях «шелкунами» называли также мелких торговцев-разносчиков, которые «щёлкали» товаром — то есть быстро и бойко предлагали его. Эта версия менее распространена, но не исключена: если предок был коробейником, его могли прозвать по характерному звуку или манере торговли. В любом случае, фамилия Шелкуновы — из тех, что несут в себе не профессию, а живую черту: энергию, быстроту, звонкость. В современной России она встречается нечасто, но сохранилась в Поволжье и на Урале — там, где диалектная лексика дольше держалась в быту.