Фамилия Шелкуненко — яркий пример восточнославянской модели фамилий на -енко, характерной прежде всего для Украины. Суффикс -енко в XVI–XVII веках был одним из главных способов образовать фамилию от прозвища или имени отца, причем со значением «маленький», «сын такого-то». В данном случае основа — Шелкун.

Сразу возникает вопрос: что такое «шелкун»? Самая прямая и очевидная версия — прозвище от глагола «щелкать» (в старом произношении «шелкнуть»). Шелкуном на Руси называли человека бойкого, говорливого, того, кто «щелкает языком», то есть болтуна или острослова. В некоторых говорах так могли прозвать и того, кто щелкал семечки — занятие в крестьянской среде распространенное и заметное. Вторая, менее популярная версия, связывает прозвище с диалектным словом «шелкун» — так в некоторых областях называли вид шубы или тулупа, сшитого из шкурок шелкунчика (суслика). Если предок носил такую одежду или торговал ею, прозвище могло закрепиться.

С географической точки зрения фамилия Шелкуненко тяготеет к центральным и восточным областям Украины. Встречается она и на юге России, в Краснодарском крае и Ростовской области — что объясняется миграциями украинских крестьян в XVIII–XIX веках. Интересно, что фамилия эта не слишком распространена, что говорит о её относительно локальном происхождении: скорее всего, основатель рода был заметным человеком в одном-двух селах, и его потомки не разошлись широко по всей стране.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то Шелкунов (на -ов) встречается гораздо чаще и охватывает северную, русскую территорию. Шелкуненко же — форма южная, украинская. Встречается также вариант Шелкуненков — с двойным суффиксом, что иногда бывает при адаптации украинской фамилии в русских документах.

Таким образом, носитель фамилии Шелкуненко почти наверняка происходит из украинской среды, а его предок в XVI–XVII веках получил прозвище за бойкий язык или, что менее вероятно, за особую одежду. Точное значение слова «шелкун» в том конкретном говоре, где жил предок, сегодня восстановить трудно, но оба варианта рисуют образ живого, заметного человека, а не безликого крестьянина из толпы.