Фамилия Шкунков образована от личного прозвища и относится к распространенному типу русских фамилий. Возможно, прозвище Шкунок происходит от слова «шкун» - «чурка, деревяшка на штерте (веревке), для подложки под лапу якоря у борта» или «шкуна» - «мореходное судно о двух наклоненных назад мачтах и особым шкунным вооруженьем». Таким образом, Шкунком могли называть морехода. Однако существует и другая версия, согласно которой в основе этой фамилии лежит глагол «шкунить» - «скалить зубы; насмехаться». В этом случае прозвище Шкунок мог получить насмешник. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Шкунок, со временем получил фамилию Шкунков. О точном месте и времени возникновения фамилии Шкунков в настоящее время говорить сложно, поскольку процесс формирования фамилий был достаточно длительным. Тем не менее, фамилия Шкунков представляет собой замечательный памятник славянской письменности и культуры.