Фамилия Шкункова — женская форма от Шкунков, а та, в свою очередь, образована от прозвища или нецерковного имени Шкунка. Основа здесь — слово «шкуна», но не в значении парусного судна (это заимствование из голландского пришло в русский язык поздно, в Петровскую эпоху). Скорее всего, корень связан с древнерусским или диалектным глаголом «шкунить» — то есть хитрить, обманывать, лукавить. В таком случае Шкунка — прозвище плутоватого или изворотливого человека. Встречается и другая версия: от слова «шкуна» в значении «щель, расселина, трещина» — так могли назвать человека с некрасивым лицом или с дефектом речи, например, с шепелявостью (сравните с диалектным «шкунявый» — кривой, косой). Суффикс -ов/-ев указывает на типичную модель русских фамилий, означающую «сын Шкунки» или «из дома Шкунки». Фамилия довольно редкая, её географические корни, судя по данным переписей, тяготеют к центральным и северо-западным областям России, в частности к Новгородской и Псковской губерниям, где диалектная лексика сохраняла такие архаичные формы. Морфологически обращает на себя внимание отсутствие суффикса -к- в основе: Шкун-к-ов, а не Шкун-ов, что характерно для прозвищ, оканчивающихся на -ка (как Воронка, Копейка). В современном звучании фамилия легко путается с «шхуна», но это чисто внешнее совпадение: судно назвали от английского schooner, а прозвище — от славянского корня.