Фамилия Шкундов — редкий случай, когда прозвище могло закрепиться за человеком, имевшим отношение к лошадям. В основе лежит слово «шкунд» или «шкунда», которое в южнорусских и украинских говорах означало лошадь плохой породы, клячу, одра. Это не бранное прозвище, а скорее бытовая характеристика: Шкундой могли назвать либо крестьянина, державшего единственную измождённую лошадёнку, либо конокрада, промышлявшего скупкой захудалых лошадей. Суффикс -ов указывает на типичную модель русских фамилий XIX века: сын Шкунда — Шкундов.

Версия с тюркским корнем выглядит менее убедительной. В некоторых тюркских языках «шкунд» созвучно словам, обозначающим «счёт» или «число», но для прозвища или личного имени такой смысл маловероятен. Скорее всего, это случайное совпадение, а не основа фамилии.

Географически фамилия привязана к югу России и Восточной Украине. Перепись 1897 года фиксирует носителей в Харьковской, Екатеринославской и Воронежской губерниях — как раз там, где слово «шкунда» было в ходу. Сословно это почти всегда крестьяне, реже — мещане. Дворянских ветвей у Шкундовых нет.

Интересная деталь: в некоторых документах XIX века фамилию записывали как Шкундовъ (с твёрдым знаком на конце) или Шкунда (без суффикса). Встречается и вариант Шкундовский — он мог возникнуть при переходе в духовное сословие или при записи через польскую канцелярию, но это уже другая линия.