Фамилия Шкунденков — редкий случай, когда прозвище, лёгшее в основу, почти наверняка связано не с русским, а с польским или белорусским словом. Вопреки ожиданию, корень здесь не от «шкунды» (такого слова в русских говорах нет), а от польского szkudła или белорусского шкудла — «гонт», то есть деревянная черепица, которой в старину крыли крыши. Соответственно, Шкунденком или Шкунденковым могли прозвать мастера по изготовлению гонта, кровельщика. Учитывая, что суффикс -енк- (в форме -енков) характерен для юго-западных регионов, особенно для территории современной Беларуси, Смоленщины и Брянщины, носители фамилии, скорее всего, имеют западнорусские или белорусские корни.

Модель образования проста: прозвище Шкунденок (буквально «маленький гонтовщик» или «сын гонтовщика») со временем обросло типичным русским суффиксом -ов, превратившись в Шкунденков. Такая двойная суффиксация — сперва уменьшительный -енк-, потом патронимический -ов — обычна для фамилий, которые оформлялись уже в великорусской среде, но на основе местных, невеликорусских прозвищ. Фамилия недвусмысленно указывает на ремесло предка: он не просто имел отношение к лесу, а занимался конкретным плотницким делом — колол и тёсал гонт для кровли.

Встречается Шкунденков редко, в основном на юге России и в Поволжье, куда в XVIII–XIX веках переселялись крестьяне из белорусских и смоленских губерний. Никакой дворянской или купеческой истории у фамилии нет — это однозначно крестьянский или мещанский род, чьё прозвище закрепилось в документах как фамилия. Спорных версий происхождения практически не существует: попытки связать её с диалектным «шкундырить» (хитрить, жульничать) или с тюркскими корнями выглядят натяжкой, так как география бытования и прозрачная славянская основа «гонт» дают однозначный ответ.