Фамилия Шкунденко звучит на слух как украинская, и это первая зацепка. Суффикс -енко — один из самых распространённых в украинской ономастике, он образует фамилии по модели «сын такого-то» или «потомок такого-то». В данном случае основа — Шкунд(а). Именно от этого прозвища или имени и пошла фамилия.

Разбираемся с основой. Слово «шкунда» в украинских и южнорусских говорах имеет несколько значений. Самое вероятное — прозвище человека, который занимался выделкой шкур, то есть кожевника или скорняка. В этом случае «шкунда» — производное от «шкура» с характерным для просторечия изменением звука. Вторая версия, менее распространённая, связывает слово с польским «szkoda» (жаль, убыток) или с глаголом «шкодити» (вредить). Тогда прозвище Шкунда могли дать человеку шаловливому, проказливому или, наоборот, неудачливому, от которого одни убытки. Третья гипотеза, редкая, отсылает к диалектному «шкундыр» (хромой, прихрамывающий человек).

Географически фамилия Шкунденко тяготеет к центральным и восточным областям Украины, особенно к Полтавщине и Черкащине. В России она встречается реже, в основном в регионах, граничащих с Украиной, или в местах переселения украинских крестьян в XVIII–XIX веках (Кубань, Слобожанщина). Сословно фамилия, скорее всего, крестьянская или казацкая. Украинские фамилии на -енко сначала закрепились среди казаков и мещан, а затем распространились на все слои.

Таким образом, Шкунденко — это «сын Шкунды». Ваш предок, скорее всего, был либо кожевником (самая прямая версия), либо получил прозвище за свой нрав или внешность. Фамилия недворянская, а бытовая, что типично для основной массы украинских фамилий.