Фамилия Шкундич — редкий случай, когда географическая привязка оказывается едва ли не важнее лингвистического разбора. Основная масса носителей сосредоточена на Балканах, прежде всего в Хорватии, Сербии и Боснии. В России эта фамилия встречается единично, и почти всегда её корни ведут к южным славянам, а не к восточнославянскому миру. Поэтому искать в ней типичный русский суффикс -ов или -ин не стоит: перед нами модель на -ич, характерная для сербохорватского ареала.

Суффикс -ич в южнославянских фамилиях выполняет примерно ту же роль, что русское -ович/-евич: он указывает на происхождение от отца или родоначальника. Шкундич — это «сын Шкунды» или «потомок Шкунды». Само прозвище Шкунда имеет несколько правдоподобных толкований. Самое простое и прозрачное — от южнославянского диалектного слова «шкунда» (от итальянского «scunda» — второй, вторичный). В хорватских говорах так могли называть второго ребёнка в семье или того, кто родился после перерыва. Это распространённая модель: вспомните русские прозвища Второй, Третьяк.

Есть и другая, более грубая версия, которую не стоит сбрасывать со счетов: в некоторых сербских и боснийских говорах «шкунда» означало «оборванец», «негодная вещь» или «человек с изъяном». Прозвища с отрицательной коннотацией в Средневековье давали часто — не для оскорбления, а для оберега или просто по внешнему признаку. Однако, учитывая, что фамилия не исчезла и дошла до наших дней, первая версия (указание на порядок рождения) выглядит убедительнее: такие прозвища реже превращались в дразнилки и лучше закреплялись в документах.

В русском контексте фамилия Шкундич могла появиться у потомков сербских или хорватских переселенцев, которые оказывались в Российской империи в XVIII–XIX веках. Известны случаи, когда балканских славян селили в Новороссии и на Кубани. Поэтому, если вы носите эту фамилию в России, наиболее вероятная история — миграция ваших предков с Балкан, а не исконно русское происхождение.