Фамилия Шкутова — женская форма фамилии Шкутов, и её происхождение напрямую связано с прозвищем или профессией человека, от которого она пошла. Основа — слово «шкут» или «шкута», и здесь есть несколько версий, и самая вероятная ведет к ремеслу.

Чаще всего фамилию связывают со «шкутником» — так в некоторых русских говорах называли кожевника, мастера, который выделывал шкуры (ср. «шкура»). Уменьшительная форма «шкут» могла быть прозвищем подмастерья или человека, который работал с кожей. В этом случае фамилия образована по простой модели: прозвище Шкут + патронимический суффикс -ов (чей сын? — Шкутов). Женская форма Шкутова — это жена или дочь Шкутова.

Менее распространённая версия отсылает к диалектному слову «шкута» — так в некоторых областях называли щепку, осколок или что-то мелкое, негодное. Если прозвище Шкута дали человеку, то, скорее всего, за худобу или невысокий рост. Однако профессиональное значение (кожевник) встречается в источниках чаще и выглядит убедительнее.

В отличие от фамилий, образованных от крестильных имён (Иванов, Петров), Шкутов — «прозвищная» фамилия. Она не указывает на род занятий напрямую (как Кузнецов или Плотников), но через прозвище намекает на ремесло. По суффиксу -ов видно, что фамилия сложилась в центральной России или на севере, где эта модель была основной, и закрепилась в XVI–XVII веках, когда прозвища начали передаваться детям как фамилии.

Встречается фамилия и в форме Шкутов (мужская) и Шкутова (женская), но без вариантов ударения — оно падает на первый слог: Шку́тов. Редкая фамилия, не массовая, но её носители могут с уверенностью сказать, что их предок получил прозвище от дела или внешности, а не от церковного имени.