Фамилия Шелайкина образована по самой распространённой в русском языке модели: от основы через суффикс -ин, указывающий на принадлежность («чей?» — Шелайкин сын, Шелайкина дочь). Женская форма фамилии, как и мужская, фиксируется в документах, но исторически первична мужская — Шелайкин.

Основа фамилии — прозвище или некалендарное имя Шелайка. Это уменьшительно-уничижительная форма от имени Шелай, которое, в свою очередь, восходит либо к глаголу «шелайдать» (в диалектах — «шататься, слоняться без дела»), либо к слову «шелай» — так в некоторых говорах называли невысокого, суетливого человека. Вторая версия связывает имя Шелай с тюркскими корнями: в тюркских языках «шелай» может означать «светлый, ясный» или быть вариантом имени Шелай — «благородный». Учитывая географию бытования фамилии (преимущественно Поволжье, Урал, Сибирь), где сильны тюркские влияния, эта версия не менее правдоподобна, чем славянская.

Таким образом, предок носительницы фамилии Шелайкина мог получить прозвище за манеру поведения или внешность, либо же имя было дано по этническому или языковому контакту. В любом случае, фамилия — не редкая, но и не массовая, она сохраняет связь с местными говорами и историей заселения восточных территорий России. Сословной привязки у неё нет: Шелайкины встречались и среди крестьян, и среди мещан, и в духовенстве — всё зависело от конкретной ветви рода.