Фамилия Шелиндер — редкий случай в русском ономастиконе, и её происхождение стоит искать не в славянских корнях, а в немецких диалектах. Скорее всего, перед нами фамилия, попавшая в Россию вместе с волнами переселенцев из Германии в XVIII–XIX веках. Основа — немецкое слово «Schelle» (колокольчик, бубенчик) или глагол «schelten» (бранить, упрекать). В первом случае предок мог быть звонарём, изготовителем колокольчиков или просто человеком с громким голосом — прозвище «Шеллер» (звонарь) давало бытовую характеристику. Во втором — фамилия могла закрепиться за тем, кто любил поворчать или высказывать недовольство, то есть за «ворчуном» или «ругателем».

Суффикс «-ер» в немецких фамилиях типичен для обозначения профессии или деятеля (сравните: Müller — мельник, Schneider — портной). Финаль «-индер» встречается реже и может быть искажением при адаптации на русской почве: исходная форма могла звучать как «Шеллиндер» или «Шельндер». В пользу немецкого происхождения говорит и то, что фамилия почти не встречается в старых русских переписных книгах — её носители, скорее всего, были выходцами из немецких колоний Поволжья, Причерноморья или Прибалтики.

Есть и альтернативная, менее вероятная версия: связь с еврейской фамилией Шелиндер, образованной от названия местечка Шелин (возможно, в Польше или Беларуси) с добавлением немецкого суффикса. Но в таком случае форма выглядела бы как «Шелинский» или «Шелинович» — «Шелиндер» для ашкеназской традиции нетипична.

В России фамилия остаётся малочисленной и географически разрозненной: единичные носители встречаются в Москве, Санкт-Петербурге и на Урале — там, где в XIX веке оседали немецкие мастера и ремесленники. Социальный портрет предка — скорее всего, городской житель, ремесленник или мелкий торговец, а не крестьянин. Фамилия не получила дворянского статуса и не вошла в родословные книги — она осталась бытовой, «низовой», что типично для немецких переселенцев, не имевших привилегий.