Фамилия Шелхонов — редкая и с точки зрения словообразования неочевидная. Чтобы понять её происхождение, нужно разобрать основу «Шелхон» и суффикс «-ов». Формально это типичная русская патронимическая модель: фамилию дали по отцу, которого в быту звали Шелхоном. Но откуда взялось такое прозвище или имя?

Самая вероятная версия связывает основу с тюркскими языками. В них распространён корень «шел» или «шил» в значении «клинок», «сабля», а также «острый». Суффикс «-хан» — известный титул правителя или почётное добавление к имени (как в именах Шелхан, Шахан). Таким образом, Шелхон могло быть прозвищем человека, которого сравнивали с острым мечом или ханом, либо адаптированным тюркским именем Шелхан. Поскольку фамилия оканчивается на «-ов», а не на «-ин», она могла возникнуть в среде, где русские суффиксы накладывались на нерусские основы — например, у татар, башкир или других народов Поволжья, переходивших в православие и получавших фамилии по отцу.

Вторая, менее правдоподобная версия — от прозвища, связанного с диалектным словом. В некоторых русских говорах «шелхон» могло означать неуклюжего или косолапого человека, но это предположение не подкреплено авторитетными словарями. Ономастические справочники (например, работы В. Никонова) не фиксируют фамилию Шелхонов в числе частых, что подтверждает её локальный или редкий характер.

Географически фамилия встречается в основном в центральной России и в Зауралье, но без выраженного ареала. Вероятно, первые носители — крестьяне или однодворцы, чьи предки получили фамилию от прозвища Шелхон. Точных сведений о сословной принадлежности нет, но суффикс «-ов» указывает на формирование в среде непривилегированных слоёв, где фамилии часто давали по отцовскому прозвищу, а не по имени святого.