Фамилия Шелковенко — яркий пример украинской модели фамилий на -енко, самой распространённой на Левобережной Украине. Суффикс -енко в XVI–XVII веках означал «маленький», «сын» или «ученик», то есть Шелковенко — это буквально «маленький Шелков» или «сын Шелкова». Основа фамилии — прозвище Шелк, которое могло возникнуть напрямую от названия ткани. В старину «шёлк» часто использовали как метафору чего-то мягкого, нежного или дорогого, поэтому прозвище могли дать человеку с мягким характером, изнеженному или, наоборот, богатому, одетому в шёлк.

Однако есть и другая, более прозаичная версия. В южнорусских и украинских говорах слово «шёлк» могло относиться к растению — так называли некоторые виды осоки или шелковицу (тутовое дерево). Прозвище Шелк мог получить тот, кто жил возле зарослей осоки, или крестьянин, занимавшийся разведением тутового шелкопряда — промыслом, который был распространён на юге Российской империи, особенно в Полтавской и Харьковской губерниях. Именно оттуда, по данным исторической ономастики, происходит большинство носителей фамилии Шелковенко.

Словообразовательная модель здесь проста: прозвище Шелк → патронимическая форма Шелков (чей сын? — Шелкова) → уменьшительная форма Шелковенко. Интересно, что фамилия не застыла в написании: в метрических книгах XIX века встречаются варианты Шелковенко, Шелковенко и даже Шелкавенко — последний, вероятно, отражает местное акающее произношение. Редкость суффикса -енко в сочетании с основой на -ов- делает фамилию характерной именно для украинской традиции, где патронимы на -енко вытеснили русские формы на -ов/-ев.

В сословном отношении Шелковенко — типичная казацкая или крестьянская фамилия. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано, что косвенно подтверждает её «низовое» происхождение: предки носителя скорее всего были реестровыми казаками или государственными крестьянами, занимавшимися шелководством или торговлей тканями. Географически фамилия до сих пор плотнее всего представлена в Черниговской, Полтавской и Сумской областях Украины, а также в прилегающих районах России (Белгородская, Курская области).