Фамилия Шелле — редкий случай в русском ономастиконе, пришедший не из крестьянской среды, а из немецкой или скандинавской традиции. В отличие от подавляющего большинства русских фамилий, образованных суффиксами -ов/-ев или -ин, Шелле не имеет патронимического окончания, указывающего на отца. Это «голая» основа, характерная для фамилий немецкого происхождения, которые в России часто сохраняли исходную форму без русификации.

Корень фамилии восходит к немецкому Schelle (колокольчик, бубенчик) или к нижненемецкому Schalle (звук, шум). В средневековой Германии такое прозвище могли дать звонарю, торговцу, зазывавшему покупателей, или человеку с громким голосом. Вторая версия, менее вероятная, но возможная, — от географического названия: в Германии есть несколько топонимов Schelle (например, в земле Северный Рейн-Вестфалия), и фамилия могла означать «выходец из Шелле».

В России фамилия Шелле встречается в основном в среде потомков немецких колонистов, приглашённых Екатериной II в Поволжье, или обрусевших немцев, служивших в армии и на гражданской службе в Петербурге и Москве. Носители фамилии нередко были ремесленниками, аптекарями, врачами или инженерами — типичные занятия для немецких переселенцев. В дореволюционных адресных книгах можно найти купцов Шелле в Риге и Санкт-Петербурге, торговавших мануфактурой и галантереей.

Интересно, что в русском языке фамилия Шелле не склоняется и не меняет окончания, что сразу выдаёт её нерусское происхождение. Если бы фамилия была адаптирована по русской модели, она могла бы звучать как Шеллов или Шеллёв, но этого не произошло — носители сохранили исходную форму, что говорит о достаточно позднем появлении фамилии в России и о сохранении культурной идентичности.