Фамилия Шелубаева — женская форма фамилии Шелубаев. В основе лежит прозвище или нецерковное имя Шелубай. Такая модель образования (основа на -ай + фамильный суффикс -ев) типична для южнорусских и украинских земель, где имена вроде Шелубай, Косай, Гуляй были распространены в XVI–XVII веках.

Что означало прозвище Шелубай? Первое, что приходит на ум, — связь со словом «шелуха». В русских говорах «шелуба» или «шелуха» — не только кожура семечек или лука, но и переносное прозвище для человека худого, тощего, «облезлого» или неопрятного. Однако есть и другая, более конкретная версия. В курских и орловских говорах «шелуб» — это невыделанная овчина, шкура; «шелубаем» могли назвать скорняка, кожевника или человека, торгующего дешёвыми шкурами. Версия с ремеслом кажется правдоподобнее: прозвища по роду занятий давали чаще, чем по внешности, и они легче закреплялись в фамилиях.

Встречается также вариант Шелубаев с ударением на второй слог. Географически фамилия привязана к югу России: Курская, Белгородская, Воронежская области, а также к востоку Украины (Сумщина, Харьковщина). В этих местах суффикс -ай в прозвищах — обычное дело, а слово «шелуб» в значении «овчина» фиксируется именно в южнорусских диалектах.

Есть редкая версия, что корень может быть тюркским: от «шел» (шёлк) и «бай» (богач, господин), то есть «шёлковый богач». Но она слабая — фамилия не встречается в татарских или башкирских родах, а в русских документах XVI–XVII веков (например, в десятнях и писцовых книгах) люди с такой фамилией числятся как русские служилые люди и крестьяне. Поэтому тюркскую гипотезу стоит отбросить.

Итак, Шелубаевы — скорее всего, потомки скорняков или кожевников из южнорусских сёл, получивших прозвище по материалу, с которым работали. Современная форма фамилии окончательно сложилась к XVIII веку, когда суффикс -ев закрепился за основами на -ай.