Фамилия Шенемецкая — редкий случай, когда географическая привязка оказывается прочнее и понятнее, чем попытка разобрать имя или прозвище по косточкам. Если отбросить сомнительные версии, то почти наверняка перед нами «переселенческая» фамилия, образованная от названия населённого пункта.

Основа здесь — Шенемец. Под это имя подходит, например, деревня Шенемец (или Шенемецкая) в Ленинградской области, в Тихвинском районе. Топонимы с корнем «шем-» или «шен-» нередки на северо-западе России и могут восходить к прибалтийско-финским языкам, где, допустим, «šeni» (или похожее звучание) означало «гриб», «нарост» или относилось к болотистой местности. Вторая часть «-мец» часто встречается в названиях речек и ручьёв (сравните с «мец», «миц» в карельской гидронимии). Таким образом, Шенемец — это, скорее всего, название по природному признаку: «грибной ручей» или «моховое болото».

Фамилия образована по типичной для дворянских и купеческих родов модели: название места + суффикс -ск- + окончание -ая (женский род). Изначально она звучала как «Шенемецкий» (для мужчин) и указывала на владельца или уроженца соответствующего поместья. Суффикс -ск- в русских фамилиях — маркер территориальной принадлежности, в отличие от патронимических -ов/-ев и -ин.

Носительница фамилии Шенемецкая, скорее всего, происходит из семьи, которая либо владела землёй в этой местности, либо, что вероятнее, получила фамилию по месту выхода после переселения в другую губернию. В пользу дворянского происхождения говорит сам суффикс: фамилии на -ский/-цкий в XVIII–XIX веках активно закреплялись за помещиками и духовенством. Крестьянам такие фамилии давали реже — обычно по имени отца или по прозвищу.

Других версий, достойных серьёзного рассмотрения, нет. Соблазнительно было бы связать «Шенемец» с немецким корнем (schön — красивый) или с еврейскими фамилиями, но это натяжка: фонетика и топонимика Северо-Запада России дают более надёжное объяснение. Фамилия действительно редкая, в современных справочниках массово не встречается, что подтверждает её локальное происхождение от конкретного, почти забытого селения.