Фамилия Шепчинский образована по самой распространённой в восточнославянском ономастиконе модели — с суффиксом -ский. Такие фамилии обычно указывали на географическое происхождение: предок был родом из места с названием Шепчино, Шепчин, Шепчи или похожим. Корень здесь — «шеп-», который в славянских говорах может быть связан с глаголом «шептать» или с диалектным словом «шепун» (тот, кто шепчет, говорун). Но куда вероятнее, что основа восходит к личному имени или прозвищу Шепа, Шепко — уменьшительной форме от Степан (через формы Степа, Степко) или от Шепет (в украинском «шепет» означает «щебет, шорох»). В любом случае, первичное прозвище дали человеку с тихой речью или, наоборот, болтливому — в зависимости от контекста.

С точки зрения сословной истории, носители фамилий на -ский в Российской империи чаще всего принадлежали к шляхте, духовенству или образованным слоям. Однако Шепчинские могли быть и крестьянами, получившими фамилию при переписи по названию деревни — такие случаи особенно часты в западных губерниях: на Волыни, в Подолье, в Беларуси. Если фамилия польского происхождения (а окончание -ский в польской традиции ещё более типично), то первоначальное название могло звучать как Szepczyński или Szepcziński, а русская передача закрепила упрощённое «Шепчинский».

В написании фамилии встречается вариант «Шепченский» — с буквой «е» в суффиксе. Это не ошибка, а следствие разного произношения в местных говорах: там, где «е» переходило в «и» под ударением, писали через «и», а где сохранялось — через «е». Оба варианта считаются исторически равноправными, хотя современная орфография фиксирует «Шепчинский» как основной.

Известных носителей фамилии, вошедших в крупные энциклопедии или справочники, нет, что характерно для фамилии, распространённой локально и не попавшей в столичные родословные росписи. Это не делает её менее интересной: за каждым Шепчинским стоит своя ветвь, уходящая в конкретное село или местечко, где когда-то жил человек с прозвищем Шепа или стояла деревня с таким названием.