Фамилия Шепшелей — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. Её форма указывает на то, что перед нами не стандартная русская модель на -ов/-ев или -ин, а скорее вариант, возникший под влиянием других языков. Разберём её по частям.

Основа фамилии — «Шепшел». Здесь сразу бросается в глаза суффикс -ей, который в русском языке не является типичным фамильным окончанием (как, например, -ов или -ский). Скорее всего, это румынский или молдавский суффикс, указывающий на принадлежность или происхождение. В таком случае Шепшелей — это русифицированная форма молдавской фамилии, где окончание -ей передаёт значение «сын Шепшела» или «из рода Шепшела». Само прозвище Шепшел могло быть образовано от тюркского или гагаузского слова «шепше» — так в некоторых диалектах называют вид дикой вишни или мелкой кислой ягоды. Человек мог получить такое прозвище за небольшой рост, кислый характер или даже за то, что жил возле зарослей этой ягоды.

Есть и другая, более прозаичная версия. В основе может лежать диалектный глагол «шепшить» — говорить шёпотом, шепелявить или делать что-то украдкой. Тогда Шепшелом называли тихого, неразговорчивого человека или того, кто имел дефект речи. Суффикс -ей в этом случае может быть просто фонетическим изменением при переходе фамилии в русскую среду, когда окончание подтянули под привычные модели (сравните: Шепшелов, но в устной речи — Шепшелей).

Географически носители фамилии Шепшелей встречаются в основном в южных регионах бывшей Российской империи — на территории современной Молдовы, в Одесской области Украины, а также в приграничных районах России. Это подтверждает версию о молдавском или тюркском следе. Сословно предки Шепшелей скорее всего были крестьянами или мещанами, поскольку фамилия не встречается в дворянских родословных книгах и не имеет аристократического звучания.

Таким образом, фамилия Шепшелей — это пример того, как локальное прозвище, связанное либо с растением, либо с особенностью речи, обросло иноязычным суффиксом и было адаптировано русской письменной традицией. Её обладатели могут искать корни в бессарабских или малороссийских землях конца XIX века.