Фамилия Шерефединова — женская форма от мужской Шерефединов, а та, в свою очередь, восходит к арабскому имени Шерефеддин (шарф ад-дин — «честь веры», «слава религии»). Это составное теофорное имя, популярное в мусульманском мире, особенно у тюркских народов, где оно приобрело формы вроде Шерефетдин, Шарафутдин. В русской передаче конечное «-ов» — типичный патронимический суффикс, который в этом случае прирос прямо к основе имени, минуя промежуточные формы. Фактически фамилия означает «потомок (или человек) Шерефеддина».

Словообразовательная модель здесь нестандартная. Обычно фамилии на -ов/-ев образуются от имён, оканчивающихся на согласный (Иван — Иванов), но Шерефединов — это калька с тюркского способа фамилиеобразования, где к полному имени просто добавляли русский суффикс. Встречается и вариант Шерефетдинов, с более точной передачей тюркского произношения (через «т»). Оба варианта фиксируются в документах, и чередование «д»/«т» объясняется не ошибкой писаря, а разными диалектными нормами в произношении исходного имени.

Географически фамилия тяготеет к регионам с компактным проживанием татар, башкир и других тюркских народов Поволжья и Приуралья — Татарстан, Башкортостан, Оренбургская и Челябинская области. Встречается она и у азербайджанцев, но там чаще бытует форма Шерефетдинов или Шерефли. Сословно носители фамилии в XIX — начале XX века могли быть как муллами и купцами (люди, дорожившие религиозной репутацией, что прямо отражено в значении имени), так и крестьянами — фамилия не была элитарной, а просто фиксировала принадлежность к роду.

В отличие от многих русских фамилий, где суффикс -ин указывает на принадлежность к матери (например, Марьин), Шерефединова сохраняет строгую патриархальную модель: основа — мужское имя, окончание — родовой суффикс. Женская форма на -а здесь не несёт дополнительной этимологической нагрузки, это чисто грамматический показатель.