Фамилия Шерганова — женская форма, а её мужской вариант, Шерганов, образован по стандартной русской модели с суффиксом -ов. Это указывает на то, что в основе лежало прозвище или имя Шерган, которое и стало фамилией для потомков. Словообразовательная модель проста и типична для центральной России и Поволжья: к основе на твёрдый согласный прибавляется -ов, обозначающий принадлежность («чей?» — сын Шергана).

Ключевой вопрос — что скрывается за основой «шерган». Здесь есть несколько версий, и самая прямая из них связана с тюркскими языками. В татарском, башкирском, казахском слово «шер» или «шир» означает «лев», а «шерган» может быть производной формой, означающей «львиный», «сильный как лев». Это вполне правдоподобно, учитывая, что фамилия встречается в регионах с сильным тюркским влиянием — в Татарстане, Башкортостане, Оренбургской и Челябинской областях. Предок-носитель такого прозвища мог быть физически крепким, смелым или обладать властным характером.

Вторая, менее очевидная, но тоже возможная версия — связь с русским диалектным словом «шерган», которое в некоторых говорах означало «шершавый», «шероховатый», или даже «растрепанный». В этом случае прозвище могли дать человеку с неопрятной внешностью, грубой кожей или небрежной прической. Однако эта гипотеза слабее, так как подтверждений широкого бытования такого слова в русских говорах мало, и в ономастических словарях (например, у Б. Унбегауна) тюркский корень для фамилий на «шер-» встречается чаще.

Наконец, нельзя исключать, что Шерган — это вариант более известной фамилии Шергин. В этом случае основа восходит к древнерусскому имени Шерга (сокращение от Шергий, народной формы имени Сергий). Но тогда фамилия должна была бы звучать как Шергинов, а не Шерганов, что делает эту версию маловероятной.

Таким образом, наиболее вероятное происхождение — тюркское прозвище, указывающее на силу или знатность. Социальный состав носителей фамилии Шергановых, судя по архивным данным, не был однородным: встречаются и крестьяне, и служилые люди, что говорит о широком распространении прозвища в разных слоях населения.