Фамилия Шеркожухов — редкий случай, когда сложносоставное прозвище не стёрлось до неузнаваемости, а дошло до нас почти в первозданном виде. В её основе лежит тюркское или кавказское имя или прозвище, состоящее из двух частей. Первая часть, «шер» или «шир», восходит к персидскому или тюркскому слову со значением «лев» (ср. Ширван, Ширали). Вторая часть — «кожух», что в русских говорах означало тулуп, полушубок из овчины, а также верхнюю одежду вообще. Таким образом, Шеркожух — это человек, которого прозвали «Львиный тулуп» или «Лев в кожухе». Прозвище могло быть шутливым: так могли назвать силача или забияку, который носил тяжёлую овчинную шубу, либо, наоборот, человека, кичившегося своей удалью, но одетого в простую крестьянскую одежду.

Фамилия образована по стандартной русской модели с суффиксом -ов, который указывает на принадлежность: «чей?» — Шеркожухов, то есть сын или потомок Шеркожуха. Суффикс -ов здесь присоединился к основе, оканчивающейся на шипящий, что характерно для фамилий, возникших в среде служилых людей и крестьянства. Географически фамилия тяготеет к южнорусским регионам и Поволжью, где было сильное тюркское и татарское влияние. Встречается она и среди казачества, где охотно давали меткие прозвища, сросшиеся с именем.

В дореволюционных источниках носители фамилии фиксируются как крестьяне и мещане. Интересно, что в некоторых говорах слово «кожух» могло обозначать не только одежду, но и змеиную шкуру, выползок, что добавляет ещё один возможный оттенок прозвищу — «Львиная шкура», отсылка к известной басне об осле, нарядившемся в львиную шкуру. Однако эта версия менее вероятна, так как основное значение слова в быту было всё же одежным.

С точки зрения словообразования, фамилия уникальна: в русском ономастиконе нет другой фамилии, где бы столь же прозрачно сочетались «лев» и «тулуп». Это не переиначенная иностранная фамилия и не переосмысленное церковное имя, а живое народное прозвище, которое закрепилось в документах. Фамилия Шеркожухов — зримый след встречи двух языковых стихий: тюркской образности и русской бытовой лексики.