Фамилия Шерлупенкова — женская форма фамилии Шерлупенков, и её происхождение стоит искать не в очевидном корне, а в довольно редкой словообразовательной модели. Основа «Шерлупенк-» образована с помощью суффикса -енк(о), который был характерен для украинской и белорусской ономастики. В русской среде такие фамилии часто «обрусевали», получая окончание -ов, и Шерлупенков — типичный пример: украинская по происхождению фамилия, адаптированная под русскую патронимическую форму.

Разбираем корень: «шерлуп» — это диалектный вариант слова «скорлупа». В говорах встречалось «шерлупа» или «шерлупка» в значении «твёрдая оболочка, кожура, шелуха». Скорее всего, прозвище Шерлупка или Шерлупенко дали человеку с жёстким, «колючим» характером, либо тому, кто занимался чисткой семечек, орехов или обработкой чего-то, что даёт шелуху. Менее вероятна, но возможна версия, связывающая прозвище с профессией — например, лудильщика или жестянщика, работавшего с тонким металлом, напоминающим скорлупу.

Суффикс -енк(о) в украинских фамилиях обычно указывал на потомка или человека, связанного с носителем прозвища: Шерлупенко — «сын Шерлупки». Когда фамилия перешла в великорусскую среду, к ней добавили -ов, и получился Шерлупенков. Встречаются и параллельные формы: Шерлупкин (от «шерлупка») и Шерлупов (от «шерлуп»), но Шерлупенков — самая распространённая.

Географически фамилия тяготеет к южнорусским и центрально-чернозёмным областям, а также к регионам, куда в XVII–XIX веках переселялись украинские крестьяне: Курская, Воронежская, Белгородская губернии. В этих местах диалектное слово «шерлупа» было в ходу, и прозвище не казалось странным. Сословно носители фамилии — почти исключительно крестьяне и однодворцы; дворянских родов Шерлупенковых в гербовниках не зафиксировано.

В написании возможна путаница: иногда фамилию записывали как Шерлупенкова (с ударением на втором слоге — ШерлУпенкова) или Шерлопенкова, если диалект «акал». Но корень остаётся тем же — «скорлупа», только в уменьшительной или пренебрежительной форме.