Фамилия Шештанова — редкий случай, когда написание почти наверняка искажено, а исходная форма скрыта за произносительным сдвигом. Скорее всего, перед нами вариант фамилии Шиштанов или Шестанов, где ударный гласный «и» или «е» в просторечии перешел в «ё», а на письме закрепился как «е» — явление, обычное для русских говоров, где «шыштать» или «шестать» означало одно и то же: шипеть, шептать, издавать глухой свистящий звук. В некоторых диалектах «шештать» — это ещё и «шарить, рыться, искать ощупью», что даёт прозвище суетливому или тихому человеку.

Основа фамилии — прозвище Шештан (или Шиштан), образованное от глагола с помощью суффипкса -ан-, характерного для имён, описывающих привычку или манеру поведения: Шептун, Шипун, Ворчун. Суффикс -ов- в женской форме Шештанова указывает на принадлежность к роду: «жена или дочь Шештана». Мужская форма — Шештанов — фиксирует прямого предка-носителя этого прозвища. Встречается фамилия почти исключительно в Поволжье и на Урале, где акающие и ёкающие говоры особенно сильны.

Менее вероятная, но допустимая версия — связь с тюркским корнем «шеш» (пять, а также «острый, колкий»). В таком случае прозвище Шештан могло означать «остроносый», «пятый сын» или вовсе быть прозвищем по внешности. Однако фонетика фамилии — с характерным «ш» и мягким «т» — указывает скорее на славянскую диалектную основу, чем на прямое заимствование. В словарях русских фамилий (например, у Б. Унбегауна) подобные модели с чередованием «ш/щ» и суффиксом -ан- описаны как типичные для прозвищ по действию.

Сословно Шештановы, скорее всего, крестьяне или мещане: фамилия не встречается в дворянских родословных книгах и не образует гнезда однокоренных вариантов, что выдает её позднее происхождение (XVII–XIX века). Носительница фамилии сегодня может с уверенностью считать, что её предок получил прозвище за тихую, «шипящую» речь или за манеру всё трогать и шарить руками — и это прозвище закрепилось в документах именно в той огласовке, как было произнесено местным писарем.