Фамилия Шестеперова — редкий случай, когда прозвище, лёгшее в основу, почти наверняка связано не с человеком, а с птицей или сказочным существом. В её основе лежит сочетание «шесть перьев». Скорее всего, так в старину могли прозвать человека, который держал у себя на шапке или шлеме необычный султан из шести перьев, либо мастера, изготовлявшего такие головные уборы. В русской традиции число «шесть» встречается в прозвищах реже, чем «три» или «семь», что делает фамилию заметной.

Словообразовательная модель проста: к основе «шестепер» добавили типичный русский суффикс -ов, указывающий на принадлежность («чей?» — Шестеперов). Женская форма Шестеперова — это вариант жены или дочери Шестеперова. Фамилия образована не от имени, а от прозвища, и это сразу говорит о том, что никакого крестильного имени «Шестепер» не существовало: предок получил прозвище по внешней примете или роду занятий.

Встречается фамилия преимущественно в центральных и северных областях России. По данным переписей и архивов, носители фамилии Шестеперовы (и Шестеперовы) фиксировались в Вятской, Костромской и Пермской губерниях. Вятка и Пермь — регионы, где было сильно старообрядчество, а староверы часто сохраняли архаичные прозвища и ремёсла. Возможно, предок Шестеперовых был не просто крестьянином, а ремесленником-перьевщиком, делавшим украшения для шапок — такие мастера ценились на ярмарках.

Любопытно, что фамилия имеет параллель в виде Шестиперов — ударение может падать на второй или третий слог. В говорах «шестепер» звучало как «шестипер», отсюда и разнобой в написании. В словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии» упоминается, что прозвища с числительными и названиями частей тела или предметов (ср. Семиперов, Трехруков) были характерны для народной смекалки: они давались не в обиду, а как запоминающаяся метка.

Таким образом, фамилия Шестеперова — не про «шесть пальцев» и не про «перо для письма». Это прозвище по головному убору или его изготовителю. Носительницы этой фамилии могут считать, что их предок либо носил необычный султан из перьев, либо умел делать такие вещи на заказ.