Фамилия Шесто — редкий случай, когда числительное стало основой для фамильного прозвища. В русской ономастике фамилии, образованные от порядковых номеров, встречаются, но обычно в форме Шестов, Шестаков или Шестопалов. Шесто же стоит особняком: это застывшая форма числительного «шестой» в кратком виде, характерная для южнорусских и украинских говоров.

Словообразовательная модель проста: от порядкового числительного «шестой» отсекли окончание, оставив основу. Так могли назвать шестого ребёнка в семье, но не напрямую — скорее, это было прозвище, которое затем закрепилось как фамилия без типичных русских суффиксов -ов, -ев или -ин. Отсутствие суффикса указывает на то, что фамилия могла сформироваться в среде, где прозвища переходили в фамилии в «чистом» виде — такое встречается у украинских, белорусских и южнорусских крестьян, особенно на территории современной Черниговщины, Полтавщины или Курской области.

Есть и другая, менее очевидная версия: Шесто могло быть усечённой формой от прозвища Шестопал (шесть пальцев) или Шестокрыл (из фольклора), но она слабая — нет документальных подтверждений, что такие сложные прозвища сокращали до одного корня. Правдоподобнее считать, что перед нами прямое прозвище по счёту: шестой сын, шестой работник в артели или даже человек, живший в шестом доме на улице.

Фамилия недворянская и нестарая: в ревизских сказках и метриках XVIII–XIX веков она почти не встречается, что говорит о её позднем закреплении или локальном бытовании. Носители фамилии Шесто сегодня рассеяны по России и Украине, но ни в одном регионе не образуют заметного скопления — это типичная «редкая» фамилия, у которой каждый род, скорее всего, имеет свою короткую историю в несколько поколений.