Фамилия Шейдорова — женская форма фамилии Шейдоров, и в ней почти наверняка скрывается указание на занятие или прозвище предка по мужской линии. Основа «шейдор» не является ни крестильным именем, ни распространённым географическим названием, поэтому её следует искать среди профессиональных прозвищ. Скорее всего, перед нами вариант фамилии Шейдеров, где корень восходит к немецкому слову «Scheider» (резчик, раскройщик, или, в более узком смысле, портной, работающий с кожей). В русских говорах и при переносе фамилий немецких колонистов или ремесленников звук «е» мог перейти в «о» под влиянием акающего произношения или просто при записи фамилии на слух: Шейдер → Шейдор.

Модель образования типична для русских фамилий: суффикс -ов (в женском роде -ова) присоединялся к основе, чтобы указать на принадлежность — «сын Шейдора» или «из семьи Шейдора». Если версия с немецким корнем верна, то предок носителя фамилии мог быть портным, кожевником или резчиком по дереву, причём необязательно этническим немцем: в XVIII–XIX веках мастеровые люди из Прибалтики и немецких слобод часто оседали в городах центральной России, и их прозвища закреплялись как фамилии у русских потомков.

Менее вероятная, но не исключённая версия — происхождение от тюркского или иранского корня, где «шейд» может означать «радость», «восторг» или «безумная страсть» (сравните с персидским «шейда»). Однако в таком случае фамилия скорее звучала бы как Шейдаев или Шейдов, а суффикс -ор в середине слова для тюркских основ нетипичен. Поэтому версия с профессиональным прозвищем, записанным через «о», выглядит надёжнее.

Географически фамилия Шейдорова не привязана к какому-то одному региону, но чаще встречается в областях, где в XIX веке были поселения немецких колонистов или крупные ярмарки с приезжими ремесленниками: Поволжье, юг Урала, Сибирь. В дореволюционных метрических книгах эта фамилия могла писаться и как Шейдарова, и как Шейдерова — путаница между «е» и «о» в безударной позиции была обычным делом.