Фамилия Шейлингер — одна из тех, что не вписываются в привычную русскую модель на -ов, -ев или -ин. Её суффикс -ер сразу указывает на немецкое или еврейское (ашкеназское) происхождение. В немецком языке суффикс -er часто обозначает профессию или принадлежность к месту: например, Berliner — «берлинец», или Bäcker — «пекарь». Фамилия Шейлингер образована по тому же принципу.

Основа фамилии — «Шейлинг». Это может быть топоним: несколько населённых пунктов с названием Scheiling или Schelling есть в Баварии и Австрии. Тогда Шейлингер — «выходец из Шейлинга». Такая модель образования фамилий очень характерна для немецкоязычных земель: человека называли по месту, откуда он пришёл, и это прозвище закреплялось за его потомками.

Вторая, не менее вероятная версия — происхождение от немецкого слова Schelle (колокольчик, погремушка) или глагола schellen (звенеть). В этом случае основа Schelling могла быть прозвищем звонаря, литейщика колоколов или просто человека с громким голосом. Суффикс -er превратил такое прозвище в фамилию ремесленника. Вариант написания через «ей» (Шейлингер, а не Шеллингер) — результат адаптации немецкого звука «е» в русском языке, где он часто передаётся как «ей» или «е».

В Российской империи носители фамилии Шейлингер появлялись в основном среди немецких колонистов Поволжья и Причерноморья, а также в среде еврейского населения западных губерний. У евреев фамилии на -ер часто давали по профессии или по названию местечка. Фамилия не относится к дворянским или аристократическим — это типичная фамилия ремесленника, переселенца или сельского жителя.

Встречаются варианты написания: Шеллингер, Шейлингер, Schellinger. В русском языке ударение обычно падает на второй слог: Шейли́нгер. Фамилия редкая, в современных телефонных справочниках России и стран бывшего СССР насчитывается не более нескольких сотен носителей.