Фамилия Шеймухова — женская форма мужской фамилии Шеймухов, которая образована по продуктивной модели с суффиксом -ов. Это указывает на то, что в основе лежит либо имя, либо прозвище родоначальника — Шеймух. Сама основа нехарактерна для исконно русских имён, поэтому фамилию стоит рассматривать в контексте тюркских и кавказских языков.

Скорее всего, корень «шейх» (от арабского شيخ — «старец», «глава», «наставник») указывает на принадлежность предка к духовному или родовому авторитету. Вторая часть — «мух» — может быть искажённым тюркским словом «муха» (печать) или личным именем (ср. Мухаммад в сокращённой форме). Таким образом, исходное прозвище Шеймух могло означать «шейх с печатью» или «шейх Мухаммед». Вероятнее всего, фамилия бытует среди народов Северного Кавказа (кумыки, ногайцы, аварцы) или у азербайджанцев, где подобные сложные имена с компонентом «шейх» встречаются часто.

Словообразовательная модель с суффиксом -ов/-ев типична для русификации нерусских фамилий в XIX–XX веках. Когда представителей тюркских или кавказских народов записывали в метрики и паспорта, их отчества или родовые прозвища оформляли по русскому образцу. Фамилия Шеймухова — не крестьянская и не дворянская в привычном русском смысле, а скорее сословно нейтральная, отражающая социальный статус предка (духовный лидер, уважаемый старейшина).

Встречаемость фамилии невысокая, географически она тяготеет к Дагестану, Чечне и Ставропольскому краю, а также встречается в среде азербайджанской диаспоры. В дореволюционных источниках фамилия могла записываться как Шеймуков или Шеймух-оглы, а современная форма — результат унификации написания.