Фамилия Шфлагинова звучит для русского уха непривычно, почти искусственно. Её основа — «шфлаг» — не встречается ни в древнерусских прозвищах, ни в диалектной лексике. Скорее всего, перед нами фамилия, образованная от немецкой или еврейской фамилии Шфлаг (Schflag), которая в свою очередь могла быть искажением более известной фамилии Шлаг (Schlag — «удар» по-немецки) или топонима Шлаген. В таком случае русский суффикс -ин- указывает на принадлежность: «чей?» — Шфлагинова, то есть жена или дочь Шфлага. Женский суффикс -ова здесь заменён на -ина, что характерно для фамилий, оканчивающихся на согласный: Шфлаг → Шфлагин.

Другая версия — фамилия могла возникнуть в результате канцелярской ошибки или намеренного искажения при записи. В XIX веке переселенцы из немецких колоний в России (например, поволжские немцы) нередко получали фамилии, которые чиновники записывали на слух, с ошибками. Если исходной была фамилия Шлагенов (от немецкого Schlag), то при переписи могли пропустить букву или переставить звуки, получив Шфлагин. Соответственно, Шфлагинова — это женская форма от Шфлагин.

Третья, менее вероятная гипотеза связывает фамилию с еврейскими фамилиями, начинающимися на «Шфл-» (например, Шфлейфер, от идиш «шфлейфен» — тащить, волочить). В этом случае -ин- могло быть русифицированным окончанием, но такое словообразование для еврейских фамилий редкость: обычно они принимали суффиксы -ов/-ев или -ский.

Однозначно сказать, кем были предки, трудно. Если фамилия немецкая, то носители могли быть ремесленниками, колонистами или лютеранами, переселившимися в Россию при Екатерине II. Если же это результат ошибки, то перед нами пример того, как случайность в документе создаёт уникальную фамилию, не имеющую аналогов в ономастических словарях. В любом случае, Шфлагинова — редчайший случай, когда корень не поддаётся прямому переводу, а сама фамилия почти наверняка существует в единственном или нескольких вариантах написания.