Фамилия Шибаненко образована от прозвища Шибан, которое восходит к глаголу «шибать». Соответственно, прозвище Шибан, вероятнее, отражало особенности характера предка. По другой версии, прозвище Шибан восходит к существительному «шибан» — так в старину называли табак, махорку. Поэтому прозвище Шибан, возможно, получил тот, кто занимался выращиванием или продажей табака. Не исключено, что именование Шибан является тюркским именем, которое в переводе на русский означает «муха» или «комар». Позже прозвище Шибан, изначально присоединенное к наследственному имени, полностью заменило его как в повседневной жизни, так и в официальных документах. Поэтому Шибаненко буквально понималось как «сын Шибана».