Фамилия Шибулкина — женская форма, мужской вариант — Шибулкин. В основе фамилии лежит прозвище или нецерковное имя Шибулка. Слово «шибулка» в русских говорах имело несколько значений, и чтобы понять, откуда пошла фамилия, нужно разобраться с каждым.

Самое вероятное объяснение — от глагола «шибать» (бить, ударять, бросать, кидать). В диалектах «шибулка» означала «непоседа», «озорник», а также «тот, кто шибает» — бьёт или кидается чем-то. Такое прозвище могли дать драчливому, задиристому человеку или, наоборот, вертлявому и непоседливому ребёнку. В некоторых говорах «шибулкой» называли и небольшой камешек или комок земли, которым кидаются, — тогда прозвище могло отражать профессию или привычку.

Вторая версия связывает фамилию с украинским или южнорусским словом «цибуля» (лук). В украинском языке «цибуля» — лук, а «цибулька» — луковица. В русских говорах под влиянием украинского слово могло звучать как «шибулька» или «шибулка». Тогда прозвище Шибулка давали либо торговцу луком, либо человеку с характерной внешностью — например, с круглой головой или с «луковичным» носом. Переход «ц» в «ш» — явление нередкое в народной этимологии, поэтому эта версия имеет право на существование, хотя менее распространена.

Суффикс «-ин» указывает на принадлежность: Шибулкин — «сын Шибулки» или «из рода Шибулки». Такая модель типична для русских фамилий, образованных от прозвищ на -а, -я. Фамилия Шибулкин — не самая частая, но и не уникальная. Встречается преимущественно в центральных и южных регионах России, а также в Поволжье. В документах XVII–XVIII веков можно найти однокоренные фамилии: Шибаев, Шибанов, Шибунин — все они восходят к тому же корню «шиб-». Фамилия Шибулкина, скорее всего, возникла в крестьянской или мещанской среде, где прозвища были особенно распространены. Никаких дворянских корней у неё нет — это фамилия простого человека, чьё прозвище закрепилось за потомками.