Фамилия Шибалкина — женская форма, мужская — Шибалкин. В основе фамилии лежит прозвище Шибалка, которое, скорее всего, связано с глаголом «шибать» — бить, ударять, кидать, бросать. В русских говорах «шибалка» могла означать либо драчуна, забияку, либо человека, который работает с размахом, «шибает» — например, бьёт масло или сбивает что-то. Есть и более бытовая версия: «шибалкой» называли приспособление для сбивания масла, так что прозвище могло закрепиться за маслоделом или крестьянином, занятым тяжёлой работой.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Шибалкин — сын Шибалки. Такая модель типична для русских фамилий, образованных от прозвищ на -а/-я, и распространена в северных и центральных регионах России. В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые часто встречаются на юге и востоке, Шибалкины чаще всего встречаются в Поволжье, особенно в Нижегородской и Кировской областях, а также в Удмуртии. Эта география подтверждается данными современных телефонных справочников и архивными записями XIX века.

Спорных версий происхождения практически нет. Редко фамилию связывают с диалектным «шибалый» — кривой, косой, но это маловероятно: прозвище Шибалка образовано от глагола, а не от прилагательного, и форма «-алка» характерна для деятеля, а не для признака. Сходство с фамилией Шибанов (от имени Шибан, татарского происхождения) случайно — корни разные, и Шибалкин явно славянский, не тюркский.

Интересная деталь: в некоторых говорах слово «шибалка» имело ироничный оттенок — так могли назвать человека не столько драчливого, сколько суетливого, «мечущегося» из стороны в сторону. То есть прозвище могло описывать не физическую силу, а характер — беспокойный, порывистый. Так что предки современных Шибалкиных, скорее всего, были людьми либо с крепкими кулаками, либо с неугомонным нравом, и прозвище закрепилось за ними в быту, а затем перешло в фамилию.