Фамилия Шибутинский — редкий случай, когда географическая привязка, скорее всего, первична, а личное прозвище — вторично. Суффикс -ский указывает на дворянский или шляхетский способ образования фамилий по названию поместья или местечка, откуда происходил основатель рода. В отличие от массовых крестьянских фамилий на -ов/-ев, такие фамилии часто закреплялись за выходцами из западнорусских земель, входивших в состав Речи Посполитой.

Основа «Шибутин-» почти наверняка восходит к топониму Шибутино или Шибутин. На картах можно найти несколько таких названий: село Шибутино есть в Тверской области, а деревни с похожими корнями встречаются в Беларуси и на Украине. Происхождение самого топонима — спорный момент. Самая прямая версия: от диалектного «шибутать» — шатать, качать, болтать, или от «шибкий» — быстрый, резкий. В этом случае Шибутино могло быть прозвищем поселения по характеру местности (например, на ветреном месте) или по поведению жителей.

Менее вероятна, но возможна версия от личного имени Шибута — гипотетической уменьшительной формы от Шибан (древнерусское нецерковное имя, означавшее «ударник», «забияка»). Однако в ономастических словарях (например, у Веселовского) имя Шибута не фиксируется, в отличие от Шибана, что делает топонимическую версию более надёжной.

Таким образом, первый носитель фамилии Шибутинский — это, скорее всего, мелкий шляхтич, владелец или уроженец местечка Шибутино. В XIX веке, после отмены крепостного права, фамилия могла распространиться и среди крестьян, получивших вольную и взявших фамилию по названию бывшего поместья. Сегодня фамилия встречается рассеянно, без выраженного ареала, что подтверждает её «усадебное» происхождение: дворянские роды часто разъезжались по разным губерниям.