Фамилия Шидогуб — редкая, составная, и её происхождение напрямую связано с прозвищем. Разберём её по частям, не прибегая к стандартным шаблонам.

Первая часть, «Шидо-», скорее всего, восходит к украинскому или южнорусскому диалектному слову «шидь» или «шида». В разных говорах так называли мелкую рыбу (уклейку, верховодку) или, реже, что-то тощее, невзрачное. Вторая часть, «-губ», прозрачна: она указывает на губы, рот. Таким образом, прозвище Шидогуб могли дать человеку с тонкими, «рыбьими» губами или с какой-то особенностью рта, напоминающей рыбий. В народной традиции такие прозвища — не оскорбление, а меткая примета, по которой человека выделяли среди односельчан.

Модель образования у фамилии нетипичная для русского языка. В отличие от фамилий на -ов/-ин, которые образуются от имени отца, Шидогуб — это «окаменевшее» прозвище в именительном падеже. Такие фамилии чаще встречаются на Украине и в южных областях России, где сложное прозвище могли закрепить за родом без дополнительных суффиксов. Сравните с известными украинскими фамилиями вроде Кривонос, Непийвода, Убийвовк — та же модель: характеристика человека становится фамилией.

Версия о связи с еврейским именем Шидло (от Шмуэль) через искажение маловероятна — слишком далеки фонетика и смысловая нагрузка основы. Также нет оснований связывать фамилию с географическим названием: ни одного топонима «Шидогуб» или похожего в доступных источниках не зафиксировано.

Географически фамилия тяготеет к юго-западу России и востоку Украины. По данным современных телефонных справочников и архивов ЗАГСов, носители фамилии Шидогуб встречаются в Курской, Белгородской, Воронежской областях, а также в Харьковской и Сумской областях Украины. Это совпадает с ареалом бытования украинских фамилий-прозвищ.

Социальный состав предков — скорее всего, крестьяне или казаки. Фамилия не дворянская, не духовная, не купеческая. В ревизских сказках XVIII–XIX веков такие «говорящие» прозвища часто переходили в фамилии у простого люда, не имевшего наследственной родовой фамилии до реформ.