Фамилия Шидогубова — женская форма, мужской вариант — Шидогубов. В её основе, скорее всего, лежит прозвище, и разбирать его нужно по частям: «Шид» и «губ». Первая часть, «Шид», может быть искажением слова «шило» (в диалектах «шид» встречается как вариант произношения) либо восходить к тюркскому имени Шид (Шит), что маловероятно для восточнославянской фамилии. Вторая часть — «губа» в значении «рот» или «губа» как часть лица. Соединившись, эти части дают прозвище Шидогуб — человека с тонким, колким ртом, либо того, кто «шилом губу подшил» (в переносном смысле — язвительный, острый на язык). Модель образования типична для русских фамилий: прозвище + суффикс -ов/-ова, указывающий на принадлежность («чей?» — Шидогубов, то есть сын или внук Шидогуба).

Суффикс -ов здесь стандартный, он закрепился за фамилией в центральных и южных русских говорах. В северных регионах чаще встречалась бы форма Шидогубовский или Шидогубых. Само прозвище Шидогуб — редкое, составное. В словаре русских фамилий Б.О. Унбегауна есть похожие модели (Вертиголов, Косорот), где вторая часть указывает на часть тела, а первая — на действие или свойство. Шидогуб — из того же ряда: «шить» (или «шило») + «губа». Это прозвище могло закрепиться за человеком, который говорил колко или был известен своей придирчивостью, «остротой» языка.

Географически фамилия Шидогубов (Шидогубова) встречается очень локально. Основные упоминания — в архивах Курской и Воронежской областей, а также среди казачества Дона. Это указывает на южнорусское происхождение: именно в этих краях любили составные прозвища, рисующие яркую внешнюю или поведенческую черту. В дворянских родословных книгах фамилия не отмечена, что говорит о крестьянском или мещанском корне. Носители фамилии, вероятно, были государственными или помещичьими крестьянами, получившими фамилию по уличному прозвищу предка.

Ударение, судя по типичной модели, падает на последний слог: Шидогу́бова. Встречается вариант с ударением на «о» (Ши́догубова), но он менее распространён. Однокоренных фамилий в русском ономастиконе практически нет, что делает Шидогубовых носителями уникального прозвища, не потерявшегося в веках.