Фамилия Шедогубова — женская форма фамилии Шедогубов, и её происхождение напрямую связано с прозвищем, которое получил предок по мужской линии. В основе лежит сложение двух слов: «шед» (или «шод») и «губа». Первая часть восходит к диалектному глаголу «шедить» — в некоторых говорах это означало «цедить», «процеживать», а в переносном смысле — «говорить медленно, тянуть слова» или «скряжничать». Вторая часть — «губа» — в старину имела значение не только части лица, но и «губастый человек», «толстогубый», а также могла быть намёком на обидчивость или плаксивость (надуть губы). Таким образом, Шедогуб — это человек, который либо медленно, цедя слова, говорит (и при этом, возможно, надувает губы), либо тот, кто прижимист и «цедит» сквозь зубы, либо обладатель характерной внешности — тонких или, наоборот, выдающихся губ.

Модель образования типична для русских прозвищных фамилий: к основе Шедогуб- добавился суффикс -ов, указывающий на принадлежность («чей?» — Шедогубов сын). Фамилия редкая, и её география, судя по доступным данным, сосредоточена в центральных и южнорусских областях — встречается в Курской, Воронежской, Тамбовской губерниях, а также на Дону. Это указывает на то, что прозвище родилось в среде крестьян или однодворцев, где меткие бытовые характеристики давали людям вторые имена.

Стоит обратить внимание на вариант написания: в старых документах можно встретить «Шедогубовъ» с твёрдым знаком на конце, а также возможную путаницу с фамилией Шедогубов — без буквы «о» после «ш». Второй вариант (Шедогубов) мог возникнуть под влиянием акающих говоров, где «шед» произносили как «шад». Однако корень «шед» в значении «цедить» более надёжен, чем гипотетическая связь с тюркским «шад» (радостный) — последняя версия не находит подтверждения в русской ономастике, так как фамилия явно славянского склада с прозрачной внутренней формой.

Фамилия недворянская, не имеет отношения к знатным родам — её носители, скорее всего, были простыми людьми, получившими прозвище в быту. Сегодня она остаётся редкой: по разным подсчётам, в России насчитывается не более нескольких сотен человек с этой фамилией, и большая часть из них — женщины (Шедогубова).