Фамилия Шетогубова — женская форма фамилии Шетогубов. Её основа — прозвище или неканоническое имя Шетогуб, которое на первый взгляд кажется составным. Первая часть «шето-» может восходить к диалектному глаголу «шетовать» — в некоторых говорах это означало «шататься, слоняться без дела» или «вести беспутную жизнь». Вторая часть — «губ» — скорее всего, не имеет отношения к органу речи, а образована от слова «губа» в значении «залив, заводь» (это значение широко распространено на Русском Севере и в Поморье). Таким образом, Шетогуб — это человек, который жил или промышлял у «шетной» (беспокойной, изменчивой) губы, то есть у неспокойного залива.

Есть и другая, менее вероятная версия: что «шето» — искажённое «шестой». В этом случае Шестогуб мог быть шестым сыном в семье (по модели «Шестак», «Шестерня»). Но форма «Шетогуб» вместо «Шестогуб» встречается редко и может объясняться местным аканьем или упрощением произношения.

Фамилия Шетогубов — редкая. Она почти не встречается в центральных и южных областях России, но фиксируется в документах по Архангельской и Вологодской губерниям. Это косвенно подтверждает первую версию: именно на Русском Севере слово «губа» (залив) было в ходу, и прозвища по месту жительства у воды давали часто. Суффикс -ов указывает на типичную русскую модель образования фамилий от прозвищ на твёрдый согласный.

Носительница фамилии Шетогубова может с высокой вероятностью вести свой род из поморских или северорусских крестьянских семей, где прозвище закрепилось за одним из предков, жившим у неспокойного залива. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано, что также говорит о её простонародном происхождении.