Фамилия Шатогубов — один из тех редких случаев, когда прозвище буквально «вылеплено» из двух корней и почти не требует расшифровки. Основа — «шато» (от глагола «шатать» в значении «качать, колебать, заставлять двигаться из стороны в сторону») и «губа». Прозвище Шатогуб мог получить человек с подвижными, постоянно шевелящимися губами — например, тот, кто много и быстро говорил, нервно покусывал или кривил губы, либо обладал характерной привычкой, заметной окружающим. В русских говорах «шатать» могло означать также «болтать, пустословить», так что возможен и переносный смысл: «болтун», «пустомеля». Вторая версия, менее вероятная, — от «шат» (устаревшее «шут, скоморох») и «губа»: тогда прозвище могло закрепиться за кривлякой или ряженым, который «кривит губы», изображая кого-то.

Фамилия образована по стандартной русской модели: к прозвищу Шатогуб добавили суффикс -ов, указывающий на принадлежность («чей?» — Шатогубов сын, то есть потомок Шатогуба). Суффикс -ов типичен для центральных и северных регионов России, но сама фамилия встречается крайне редко. В дореволюционных справочниках и списках она не фиксируется массово, что говорит о её локальном происхождении: скорее всего, прозвище дали одному человеку в конкретной деревне, и его потомки разнесли фамилию по округе. В отличие от фамилий, образованных от крестильных имён (Иванов, Петров), Шатогубов — чисто прозвищная, «мирская» фамилия, возникшая в крестьянской или посадской среде не ранее XVII века.

Интересно, что в фамилии сохранилась старая форма слова «шато» без редукции гласного. Если бы прозвище возникло в XX веке, оно скорее звучало бы как «Шатогубов» с тем же написанием, но в XIX веке могли встречаться варианты «Шатогубов» и даже «Шетогубов» (под влиянием акающих говоров). Однако в современном написании фамилия устойчива. Сравните с однокоренными, но более распространёнными фамилиями: Шаталов (от «шатало» — шатун, бродяга), Губанов (от «губан» — человек с толстыми губами). Шатогубов стоит особняком — это яркий пример «говорящей» фамилии, где внешность или поведение предка застыли в двух корнях без дополнительных смысловых наслоений.

Сословно предки Шатогубовых, скорее всего, были государственными или помещичьими крестьянами. В дворянских родословных книгах фамилия не отмечена, что подтверждает её «низовое» происхождение. Географически фамилия тяготеет к центральным губерниям России — следы носителей можно найти в метрических книгах Тверской, Ярославской и Костромской губерний конца XIX века, но в единичных записях. Это не «угасающая» фамилия, а скорее локальная: её редкость — не признак исчезновения, а свидетельство того, что родоначальник был замечен и прозван очень конкретно, и прозвище не успело «размножиться» на сотни однофамильцев в разных уездах.