Фамилия Шифнер представляет собой фонетический вариант фамилии Шиффер, которая образована от аналогичного прозвища. Это прозвище восходит к немецкому слову Schiffer. На русский язык оно переводится как «моряк, шкипер, лодочник». Так, в Книге памяти Томской области упоминается плотник Шифнер Иван Вильгельмович, родившийся в 1876 году в селе Гуссенбах Краснокутского района. К известным представителям данной фамилии относится Шифнер Антон Антонович (1817—1879) — ориенталист, академик. В 1853—1862 годах под его редакцией и с его примечаниями напечатано академическое издание отчетов о путешествиях на север России и в Сибирь Кастрена. Кроме того, он перевел на немецкий язык финский эпос «Калевала».