Фамилия Шифоренко — характерный пример украинской фамилии, образованной по одной из самых продуктивных моделей: основа плюс суффикс -енко. В украинской ономастике этот суффикс исторически означал «сын» или «потомок», то есть Шифоренко — буквально «сын Шифора». Вопрос упирается в то, что скрывается за основой «Шифор».

Самое прямое объяснение — это украинская адаптация имени или прозвища Шифор. Скорее всего, перед нами народная форма крестильного имени Исифор (от греческого «приносящий равновесие» или «равный Богу»). В украинской среде такие имена нередко усекались и упрощались: Исифор превращался в Шифор, как, например, Иосиф становился Осипом, а Иоанн — Иваном. В таком случае фамилия Шифоренко означает «потомок Шифора», то есть человека, которого в быту звали сокращённым именем Исифор.

Менее вероятная, но возможная версия связывает основу с диалектным словом «шифорать» (шуршать, шелестеть) или с прозвищем человека, который шифорит — суетится, семенит ногами. Однако такие глагольные прозвища обычно давали взрослым людям по поведению, и они реже становились основой для фамилий на -енко, которые в первую очередь указывают на отчество.

Географически фамилия Шифоренко тяготеет к восточным и центральным областям Украины, где суффикс -енко наиболее распространён. В России она встречается редко и, как правило, у потомков переселенцев с Украины. Сословно носители такой фамилии в XIX веке относились преимущественно к казачеству или крестьянству — в этих средах модель на -енко была основной.

Сравнение с однокоренными фамилиями (Шифоров, Шифорин, Шифорук) показывает, что все они отталкиваются от одного антропонима Шифор, что подтверждает версию о личном имени, а не о прозвище по ремеслу. Фамилия Шифоренко не имеет отношения к шифрованию или тайнописи — это случайное созвучие, возникшее уже в русском языке.