Фамилия Шигенина — это женская форма, в то время как мужская, Шигенин, указывает на прямого предка по мужской линии. В основе фамилии лежит прозвище или нецерковное имя Шигена, которое, скорее всего, восходит к диалектному глаголу «шигать» — то есть хлестать, стегать, бить с размаху. В русских говорах, особенно в северных и сибирских, «шигнуть» означало «ударить», «стегнуть», а «шигала» — это задира или озорник, который любит задевать прохожих. Соответственно, Шигена мог получить человек с резким, вспыльчивым характером или, наоборот, тот, кто работал с кнутом, например, ямщик или погонщик скота.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Шигенин — это «сын Шигены» или «человек из рода Шигены». Такая модель образования типична для русских фамилий, произошедших от прозвищ, оканчивающихся на -а или -я. В отличие от более распространённых фамилий на -ов/-ев, которые образуются от основ на твёрдый или мягкий согласный (Иван — Иванов), форма на -ин встречается реже, что делает Шигениных менее многочисленным родом.

Фамилия редкая, с ярко выраженной региональной привязкой. По данным переписей и архивных записей, основная масса Шигениных исторически проживала на территории бывшей Вятской губернии (современные Кировская область, Удмуртия, Марий Эл). Вятка была зоной активного формирования прозвищ по поведенческим чертам, и местные говоры сохранили слово «шигать» в значении «бить, хлестать». Поэтому вполне вероятно, что первый Шигена был не просто задирой, а человеком, чья профессия или привычка дали ему такую хлёсткую характеристику.

Встречается и альтернативная, менее убедительная версия, связывающая фамилию с тюркским корнем «шиг» (дар, подношение). Однако она слаба: на Вятке, где фамилия наиболее частотна, тюркское влияние на формирование русских прозвищ было минимальным, а глагол «шигать» — исконно русский и широкоупотребительный в тех краях. Таким образом, Шигенин — это фамилия-характеристика, рассказывающая о предке с острым языком или быстрым на расправу нравом.