Фамилия Шигерин — редкий случай в русской ономастике, где географическая привязка оказывается надёжнее, чем очевидная семантика. На первый взгляд корень «шиг» наводит на мысль о диалектных прозвищах: в псковских и тверских говорах «шига» — это непоседа, юркий человек, а в некоторых регионах так называли плута или вора. Однако более вероятно, что фамилия образована от названия реки Шигерка или местности Шигерь в бассейне Вятки и Камы. В этом случае Шигерин — типичный «географический» вариант, указывающий на выходца из тех мест, по модели «откуда родом» (ср. Казанцев, Москвин).

Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — «Шигерин» означает «сын Шигери» или «человек из рода Шигери». Сама основа Шигеря могла быть прозвищем, данным переселенцу с реки Шигерки. В русских говорах слово «шигерь» встречается и как название мелкого леса, кустарника — тогда прозвище мог получить житель лесистой местности или лесоруб. Эта версия подкрепляется тем, что фамилия встречается преимущественно в Кировской области и Удмуртии — регионах с густой речной сетью и лесными массивами.

Версия о происхождении от тюркского корня (например, от татарского «шигер» — «поэт», «певец») выглядит менее убедительной: фамилия оформлена славянским суффиксом -ин, а не тюркскими патронимическими показателями, и не фиксируется в татарских родословных. Скорее всего, Шигерины — русские крестьяне или однодворцы, чьи предки получили прозвание по месту жительства или по характерной черте характера.

В дореволюционных метрических книгах фамилия встречается в Вятской губернии, особенно в Слободском и Глазовском уездах. После революции часть носителей переселилась в города, но фамилия осталась редкой — по данным современных переписей, её носят не более нескольких сотен человек, в основном на северо-востоке европейской части России.