Фамилия Шихлинский — один из тех случаев, когда географическое происхождение перевешивает все остальные версии. Это типичная топонимическая фамилия, образованная от названия населённого пункта. Основа здесь — «Шихлы» или «Шихлин». Такие названия встречаются в Закавказье, в частности в Азербайджане (село Шихлы в Геранбойском районе, Шихлин — посёлок и железнодорожная станция) и на Северном Кавказе. Суффикс «-ский» указывает на принадлежность по месту жительства или владения: «из Шихлы», «выходец из Шихлы».

Корень «ших» — тюркского происхождения, восходит к арабскому «шейх» (старейшина, духовный наставник). В тюркских языках слово «ших» закрепилось как обозначение религиозного авторитета, главы общины или просто уважаемого старца. Таким образом, название села Шихлы могло означать «место, где живут шихи» или «принадлежащее шихам». Фамилия Шихлинский, скорее всего, не сразу закрепилась за крестьянами: в Российской империи фамилии на «-ский» часто носили дворяне, получившие земельный надел с соответствующим названием, или духовенство. Однако в случае с Шихлинскими есть и другая версия — фамилия могла возникнуть у местных беков или аристократии, владевших селением Шихлы.

Словообразовательная модель проста: к основе «шихл» (от названия села) добавили типичный русский суффикс «-ин-» (фамилии на «-ин» от основ на -а, -я), а затем уже «-ский». Получилась гибридная форма, характерная для окраин империи, где тюркские корни «одевали» в славянские фамильные окончания. Встречается и вариант без «-ин» — просто Шихльский, но он редок.

Самая известная ветвь носителей — азербайджанский дворянский род Шихлинских, который дал военных деятелей, в том числе генерала Али-Агу Шихлинского, прозванного «богом артиллерии». Но фамилия не была исключительно аристократической: в Закавказье и на юге России её могли получить и простые крестьяне, переселившиеся из села Шихлы в другие места, где их записывали по месту прежнего жительства. Так что предки могли быть и сельскими старейшинами, и рядовыми земледельцами — точное социальное происхождение можно установить только по семейным архивам.