Фамилия Шикзатов — редкая, и её разбор требует осторожности: в ней нет очевидного славянского корня. Основа «Шикзат» скорее всего восходит к тюркскому или арабо-персидскому личному имени, а суффикс «-ов» указывает на обрусевшую форму, характерную для фамилий, которые возникли в среде татар, башкир, казахов или других народов, вошедших в состав Российской империи.

Наиболее вероятная версия: в основе лежит имя Шикзат, которое можно разделить на две части. Первая — «шик» — в тюркских языках означает «сомнение» или «подозрение», но в именах чаще выступает как фонетический вариант от арабского «шейх» (старейшина, уважаемый человек). Вторая часть — «зат» — с арабского и персидского переводится как «сущность», «суть», «особа» или «господин». Таким образом, имя Шикзат могло означать «господин, достойный уважения» или «почтенная особа». Сложение двух значимых компонентов — типичный приём в мусульманской ономастике.

Менее распространённая, но возможная трактовка: связь с арабским словом «шикаят» (жалоба, донос). В этом случае имя могло быть прозвищем, данным человеку, который часто жаловался или был известен сутяжничеством. Однако для личного имени такая основа маловероятна — скорее это народное переосмысление.

Фамилия Шикзатов образована по русской модели: к основе прибавили типичный патронимический суффикс «-ов», что значит «сын Шикзата». Носители такой фамилии — потомки человека, которого в документах записали как Шикзат, а его дети и внуки уже получили фамилию по отцу. Встречается она в основном в регионах с татарским и башкирским населением, а также в среде казахов, где есть близкие по звучанию имена (например, Шыкзат). В русских дореволюционных метриках и переписях эта фамилия почти не фиксируется, что подтверждает её позднее оформление — скорее всего, во второй половине XIX — начале XX века, когда крестьянам и инородцам массово давали фамилии.