Фамилия Шикзатова — редкий случай, когда основа явно тюркская, а суффикс — русский, адаптировавший фамилию под привычную модель. Мужской вариант — Шикзатов, женский — Шикзатова. Суффикс -ов/-а указывает на то, что фамилия оформлялась в русской канцелярской традиции: от имени или прозвища отца образовали притяжательное прилагательное («чей?» — Шикзатов), которое затем закрепилось как наследственное.

Корень «Шикзат» с большой вероятностью восходит к тюркскому личному имени. В тюркских языках (особенно в татарском, башкирском, казахском) «шик» может означать «сомнение», «подозрение», а в составе сложных имен часто выступает как компонент со значением «подобный», «как». Вторая часть — «зат» — переводится как «вещь», «существо», «личность». Таким образом, имя Шикзат могло означать «личность без сомнения», «достойный человек» или, в более архаичном прочтении, «подобный существу» (возможно, с мистическим оттенком). Встречаются параллели с арабским именем Шигабутдин (звезда веры), но здесь другая фонетика — скорее это исконно тюркская конструкция.

Географически фамилия тяготеет к регионам Поволжья и Урала, где исторически жили татары и башкиры. Встречается также у казахов, но реже. В метрических книгах XIX века подобные фамилии фиксировались у крестьян и мещан, реже у мулл или торговцев — то есть предки Шикзатовых не принадлежали к высшей знати, а были либо сельскими жителями, либо ремесленниками. Сословный состав определить сложно из-за малочисленности фамилии, но характер окончания (-ов) говорит о том, что фамилия прошла через русскую административную машину при переписях.

Ударение, скорее всего, падает на второй слог: Шикза́това, хотя в разговорной речи возможны варианты. Фамилия не имеет дворянских гербов и не фигурирует в родословных книгах — это фамилия народной среды, сохранившая редкую основу. Если искать однокоренные, то это Шикзатов, Шикзат, а также, возможно, Шикматов (где «мат» — хвала) — но это уже другая ветвь.