Фамилия Шилимперченко — редкий случай, когда в основе лежит не имя, не профессия и не географическое название, а прозвище, собранное из двух корней. Она явно украинского происхождения, на что указывает суффикс -енко, типичный для фамилий центральной и левобережной Украины. В старину этот суффикс означал «сын» или «потомок», то есть Шилимперченко — буквально «сын Шилимперка».

Первая часть прозвища, Шилим-, скорее всего, восходит к украинскому глаголу «шилити» — «острить, точить» или к слову «шило». В переносном смысле так могли назвать человека неугомонного, пронырливого, «острого на язык», того, кто везде сует свой нос. Вторая часть, -перк-, — это искажённое «перк» (от немецкого Perk — «гора») или, что вероятнее, вариант фамилии Перко / Перка. В украинских говорах «перко» встречается как прозвище, иногда связанное с польским perka («индейка») или с диалектным «перкати» — «толкать, пихать». Получается, что прозвище Шилимперко могло быть сложено из двух прозвищных основ: «шило» + «перко», то есть человек одновременно «острый» и «напористый».

Менее правдоподобна, но возможна версия о заимствовании из немецкого или идиша через еврейские фамилии. В немецком Schilimper не зафиксирован, но можно допустить переосмысление фамилии вроде Шиллингер (от названия монеты) с добавлением украинского суффикса. Однако для этого нет надёжных данных, а сама конструкция «шило + перко» объясняет фамилию проще и естественнее в рамках украинской ономастики.

Географически фамилия Шилимперченко привязана к юго-востоку Украины. По данным переписей XX века, единичные носители встречались в Запорожской, Днепропетровской и Донецкой областях. Это указывает на казацкие или крестьянские корни: предки могли быть запорожскими казаками или переселенцами из Правобережья. Сословно фамилия почти наверняка крестьянская или мещанская — дворянские роды с таким окончанием в этой части Украины не фиксировались.

Из-за редкости фамилии она не попала в крупные ономастические словари (Унбегауна, Никонова, Веселовского). Её нет в списках известных носителей, и в исторических документах она почти не встречается. Это делает Шилимперченко «живой загадкой»: каждый носитель — фактически хранитель уникального прозвища, которое когда-то дали одному человеку за его характер.