Фамилия Шилиня — редкий случай, когда географический акцент слышен прямо в окончании. Типичные русские фамилии заканчиваются на -ов, -ин или -ский, а здесь — «-ня». Такое окончание почти наверняка указывает на западнославянское, скорее всего польское, происхождение. В польском языке суффикс -nia часто образует фамилии от прозвищ или названий профессий, и звучал бы он как Шиленя или Шиля.

Основа фамилии — «Шил-» — восходит либо к древнерусскому или польскому глаголу «шить» (szydło, szyć), либо к прозвищу Шило. Второй вариант вероятнее: Шилом на Руси и в Речи Посполитой называли человека острого на язык, язвительного или, наоборот, очень подвижного и вертлявого. Прозвище было распространённым, и от него образовалось множество фамилий: Шилов, Шиловский, Шиленко. Форма Шилиня — это, скорее всего, «Шило» плюс польский суффикс принадлежности или уменьшительности -ня, то есть «тот, кто из рода Шила» или просто «Шилёнок».

Обратите внимание на ударение. В фамилии Шилиня оно, вероятно, падает на второй слог: ШилИня. Если бы ударным был первый слог (ШИлиня), это могло бы указывать на происхождение от топонима (названия села или реки), но таких названий в доступных источниках не встречается.

Географически фамилия Шилиня с наибольшей вероятностью закрепилась в западных регионах бывшей Российской империи — на территории современной Беларуси, Украины или в польских губерниях. Встречается она крайне редко, и в метрических книгах XIX века её носители, скорее всего, были крестьянами или мещанами, а не дворянами. Сословная принадлежность здесь не прослеживается, а вот региональная привязка — главная отличительная черта этой фамилии.