Фамилия Шилликовская — редкий пример, где географическая привязка почти наверняка перевешивает любую другую версию происхождения. Её основа, суффикс и окончание указывают на то, что перед нами типичная «топонимическая» фамилия, образованная от названия населённого пункта. Модель здесь прозрачна: суффикс -ск- и окончание -ая выдают фамилию дворянского или шляхетского происхождения, либо фамилию человека, который переселился из места, чьё название ложится в основу.

Корень «Шиллик-» с высокой вероятностью восходит к названию местечка, села или усадьбы с похожим именем. В Польше, Беларуси и на западе Украины встречаются топонимы вроде Шилики, Шиляки, Шильковичи. Если конкретный населённый пункт назывался, например, Шиликово или Шилликово, то житель такого места получал прозвание «шилликовский» — то есть «тот, кто родом из Шиликова». Суффикс -ск- в русской и польской традиции как раз и закреплял эту связь с местом.

Менее вероятна, но не исключена версия, что в основе лежит не топоним, а прозвище или имя. Корень «шил-» может быть связан с глаголом «шить» — тогда «Шиллик» могло быть прозвищем портного или мастера по кожевенному делу. Однако двойное «л» в фамилии (Шилликовская) скорее указывает на иноязычное происхождение: в русских фамилиях удвоение согласных в корне — редкость, чаще оно встречается в польских, немецких или балтийских фамилиях. Например, немецкая фамилия Schillig или польская Szyling могли дать начало форме «Шиллик».

Если опираться на словообразовательную модель, фамилия Шилликовская могла принадлежать роду, владевшему землёй или усадьбой с названием Шиллики/Шилликово. В таком случае носители фамилии — потомки мелкой шляхты или однодворцев, которые получили фамилию по месту службы или владения. Это не редкая дворянская фамилия с гербом, а скорее локальная, региональная, характерная для западных губерний Российской империи (Виленская, Гродненская, Минская) или для территорий современной Польши.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Шиллинговский, Шиляевский, Шильковский — показывает, что все они образованы по одному принципу: от названия села или прозвища с корнем, обозначающим либо швейное ремесло, либо географический объект. Учитывая редкость фамилии, её носители, скорее всего, имеют общее происхождение из одного конкретного региона, и генеалогический поиск стоит начинать с карт бывших польских воеводств.