Фамилия Шилопопик — редкий случай, когда прозвище, лёгшее в основу, сохранилось почти без изменений и не скрылось за стандартными суффиксами -ов или -ин. Она образована напрямую от прозвища Шилопоп, а суффикс -ик выполняет уменьшительную или «сыновью» функцию: Шилопопик — буквально «маленький Шилопоп» или «сын Шилопопа». Такая модель (прозвище + -ик) характерна для украинских, белорусских и южнорусских фамилий, где фамилии на -ик, -ук, -чук распространены шире, чем на севере.

Прозвище Шилопоп — составное, из двух корней: «шило» (острый инструмент) и «поп» (священник). В народной речи так могли назвать человека за конкретную черту. Самая прямая версия: непоседливого, юркого, «колючего» человека, который всё время вертится — «как шило в одном месте». Вторая версия связывает прозвище с сапожным ремеслом: шило — главный инструмент сапожника, а «поп» в прозвищах иногда добавляли для насмешки или контраста, но здесь, скорее, игра слов, усиливающая комический эффект.

Версия о реальном священнике, который шил сапоги или был слишком деятельным, выглядит менее вероятной: такие прозвища давали не по профессии, а по поведению. Филолог Борис Унбегаун в «Русских фамилиях» отмечал, что составные прозвища с глагольной основой (типа «шило» + существительное) часто возникали как бытовая характеристика человека, а не как указание на должность.

Фамилия Шилопопик — штучная, нечастотная. Её носители встречаются в основном на западе России, в Беларуси и на Украине, что подтверждает её происхождение в зоне влияния западнорусской и украинской ономастики. В документах XIX века она могла писаться через «ы» (Шылопопик) или с окончанием -ык, но современная форма закрепилась в русском написании.