Фамилия Шимиков — редкий случай, где основа прозрачна, а суффикс необычен. В отличие от массовых фамилий на -ов/-ев, здесь мы видим суффикс -ик, который в русской антропонимии встречается нечасто и обычно указывает на уменьшительную или прозвищную форму. Основа «Шим» — это краткая форма от крестильного имени Шима (в православии — схимник, монах, принявший великую схиму). В народной речи имя Схима могло звучать как Шима, а уменьшительное «Шимик» давало прозвище сыну или младшему родственнику. Фамилия Шимиков, таким образом, означает «потомок Шимика», то есть человека, которого в быту звали уменьшительным именем от Шимы.

Есть и вторая, менее очевидная версия: корень «шим» мог быть связан с диалектным словом «шима» — так в некоторых говорах называли левшу или человека с леворукостью. В этом случае фамилия могла закрепиться за прозвищем Левша или Шима, а суффикс -ик опять же указывал на младшего или сына. Правдоподобность этой версии ниже, так как слово «шима» в значении «левша» фиксируется редко и локально, тогда как имя Шима — документально подтверждённый антропоним в русских святцах.

Географически фамилия Шимиков тяготеет к южнорусским и поволжским регионам, особенно к бывшей Курской и Воронежской губерниям, а также к Дону. В этих местах имя Шима (как уменьшительное от Схимы) было более распространено среди крестьян и казаков, чем в северных и центральных губерниях. Встречаются также варианты Шимин и Шимов, но Шимиков выделяется именно суффиксом -ик, который в фамильном словообразовании XVIII–XIX веков был редкостью: обычно он оставался в прозвищах, а не переходил в фамилию.

Интересно, что фамилия Шимиков не фиксируется у дворянских родов — она осталась в крестьянской и мещанской среде. Это значит, что предки носителя фамилии, скорее всего, не имели сословных привилегий и не оставили следов в родословных книгах. Зато в метрических книгах Курской губернии за XIX век фамилия встречается регулярно, что указывает на устойчивый род, возможно, с общим предком — тем самым Шимиком, который получил прозвище либо по имени, либо по ремеслу схимника (монаха), либо по особенности леворукости.